Trung tâm Tư vấn và Bảo vệ môi trường có chức năng chính sau:
Tập hợp các nhà khoa học và chuyên môn nhằm tiến hành các hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, sản xuất kinh doanh và các dịch vụ và khoa học công nghệ trong lĩnh vực môi truờng và sử dụng hợp lý tài nguyên thiên nhiên.
Trung tâm Tư vấn và Bảo vệ môi trường có các nhiệm vụ chính sau:
1) Nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ về môi trường, kinh tế môi trường, thuế môi trường, phí chất thải, tái chế chất thải, xử lý chất thải và hóa chất độc hại, phục hồi môi trường, đánh giá tác động môi trường và hậu đánh giá tác động môi trường, quy hoạch và quan trắc môi trường.
2) Điều tra khảo sát, thiết kế, quy hoạch khai thác hợp lý tài nguyên thiên nhiên và bảo vệ môi trường.
3) Sản xuất - kinh doanh trên cơ sở các kết quả nghiên cứu.
4) Dịch vụ khoa học và công nghệ: Tư vấn về bảo vệ môi trường, tư vấn đánh giá rủi ro, tư vấn đền bù thiệt hại do ô nhiễm, suy thoái và xử lý môi trường; tư vấn về cấp phép môi trường, tư vấn thực hiện các tiêu chuẩn môi trường, ISO 14000, nhãn môi trường. Thẩm định các thiết bị và công nghệ bảo vệ môi trường; tổ chức các hội thảo khoa học; đào tạo, tập huấn nghiệp vụ chuyên môn trong lĩnh vực môi trường.
5) Thực hiện hợp tác quốc tế trong lĩnh vực môi trường và sử dụng hợp lý tài nguyên thiên nhiên.